Συνιστώσες που υπάρχουν τώρα στο ΔΑΜ-Βιο

Πατήστε το κουμπί για να δείτε την τεκμηρίωση όποιων εργαλείων θέλετε σε ένα ξεχωριστό παράθυρο, ή το για να μεταβείτε στις κεντρικές σελίδες των εργαλείων. Μετά κυλίστε τη σελίδα προς τα κάτω για να συνεχίσετε...

II. Εργαλεία σχετικά με Δομή

Πρόγραμμα homology modeling για πρωτεϊνικά μακρομόρια: Περιλαμβάνονται οι ακολουθίες συνιστώσες:
  • Στοίχιση ακολουθιών: Η πολλαπλή στοίχιση αποκαλύπτει συντηρημένες περιοχές που θα μπορούσαν να χρησιμεύσουν ως μήτρα για την κατασκευή μοντέλου άγνωστης δομής.
  • Πρόγνωση δευτεροταγούς δομής: Αξιόπιστες προγνώσεις δομικών στοιχείων μπορούν να καθοδηγήσουν τη διαδικασία της κατασκευής του μοντέλου.
  • Ταίριασμα ελαχίστων τετραγώνων για τριτοταγείς δομές: Το ταίριασμα γνωστών τριτοταγών δομών υποδεικνύει δομικά συντηρημένες περιοχές και τμήματα χρήσιμα στο στάδιο της κατασκευής του μοντέλου.
  • Κατασκευή μοντέλων: Κατασκευή μοντέλου από επιλεγμένα κομμάτια γνωστών δομών και βελτιστοποίηση του αποτελέσματος.
Ως δεδομένα δέχεται αρχεία αμινοξικών ακολουθιών σε μορφή FASTA και PIR, και αρχεία PDB. Το αποτέλεσμα είναι πάντα η τρισδιάστατη δομή του υπό πρόβλεψη μορίου σε μορφή PDB. Για την κατασκευή του μορίου-στόχου, μπορούν να χρησιμοποιηθούν πολλαπλές πρωτεϊνικές ακολουθίες ως templates. Ο χρήστης χειρίζεται την ακολουθία και κάνει επιλογές μέσα σε ένα γραφικό περιβάλλον επεξεργαστή με τη μορφή ενός Java applet. 		Mirror 1:

 

Mirror 2:

 
Αναπαράσταση δομών: Το S.C.A.R αναπτύχθηκε για τη δημιουργία, απεικόνιση και χειρισμό δομών μικρών μορίων, πρωτεϊνών και DNA.

Ταίριασμα δύο ή περισσότερων δομών με τη μέθοδο των ελαχίστων τετραγώνων: Το LSQR αναπτύχθηκε για να βελτιστοποιήσει με τη μέθοδο των ελαχίστων τετραγώνων το ταίριασμα μέρους (ή όλων) των ατομικών συντεταγμένων μιας πρωτεϊνης (workcd) με τις αντιστοιχες μιας άλλης πρωτεϊνης (refrcd). Επίσης δίνει στατιστικά στοιχεία για το ταίριασμα (πχ. rms, διαφορές μεταξύ ζευγαριών ατόμων, κλπ).

Προχωρήστε

English version
Πίσω στην κεντρική σελίδα του ΔΑΜ-Βιο
Πίσω στο Εργαστήριο Βιοφυσικής
Σχόλια: liakop@biol.uoa.gr