Το λογισμικό ΗοΜο δημιουργήθηκε για την αυτοματοποίηση της διαδικασίας πρόβλεψης τριτοταγών δομών ομόλογων πρωτεϊνών. Η διαδικασία πρόβλεψης (με το λογισμικό που δημιουργήθηκε) ακολουθεί τα εξής βήματα :

1.    Εξόρυξη αμινοξικών ακολουθιών και τριτοταγών δομών από βάσεις δεδομένων. Η διαδικασία αυτή θα πρέπει να
       προηγηθεί της εκτέλεσης του ΗοΜο και γίνεται από τον χρήστη.
2.    Προβολή πληροφοριών.
                Δυτεροταγών δομών - επιλογή μενού File/Secondary/PDB και στη συνέχεια Display/Observed
                Εσωτερικών καταλοίπων                                                                                         Περιγραφή Μεθόδου
                                                        Βήμα 1: Επιλογή διαστάσεων κυψελίδας - επιλογή μενού Edit/Internal Cell Size
                                                        Βήμα 2: Εκτέλεση προγράμματος - επιλογή μενού Run/Indernal
                                                        Βήμα 3: Παρουσίαση αποτελεσμάτων - επιλογή Display/Internal
3.    Πολλαπλή ευθυγράμμιση των αμινοξικών ακολουθιών με επιλογή του μενού Run/Alignment/Dynamic.
                                                                                                                                             Περιγραφή Μεθόδου
4.    Ταύτιση τριτοταγών δομών με εφαρμογή του κριτηρίου των ελαχίστων τετραγώνων. Η μέθοδος εκτελείται με την
        επιλογή μενού Run/LSQ. Απαραίτητη προϋπόθεση είναι η ύπαρξει των τριτοταγών δομών των πρωτεϊνών που
        εμφανίζονται στο παράθυρο εργασίας του ΗοΜο με εξαίρεση την άγνωστη πρωτεϊνη που μελετάμε. Αυτή θα πρέπει
        να έχει χαρακτηριστεί target από την επιλογή μενού Display/Target. Το πρόγραμμα αποθηκεύει τις ευθυγραμμισμένες
        πλέον δομές στο ίδιο σημείο από το οποίο διαβάστηκαν τα PDB αρχεία των γνωστών δομών προσθέτοντας στην
        ονομασία των ονομάτων των αρχείων την κατάληξει _lsq$. Αυτά τα αρχεία θα πρέπει να χρησιμοποιηθούν στο
        επόμενο βήμα που είναι η κατασκευή της άγνωστης δομής.
                                                                                                                                              Περιγραφή Μεθόδου
5.    Κατασκευή μοντέλου με εφαρμογή της μεθόδου Franky. H μέθοδος εκτελείται με την επιλογή μενού Run/Franky. Ο
       χρήστης θα πρέπει να έχει επιλέξει (με υπογράμμιση) τα τμήματα των γνωστών δομών που θέλει να χρησημοποιήσει
       για την σύνθεση της άγνωστης δομής. Η άγνωστη πρωτεϊνη θα πρέπει να είναι ενεργοποιημένη με την επιλογή
       Display/Target. Το Franky επιστρέφει δύο αρχεία. Το ένα με τα κοινά άτομα των αμινοξέων της άγνωστης δομής με
       τα αντίστοιχα των γνωστών τμημάτων που την συνθέτουν και το άλλο με συμπληρωμένα τα αμινοξικά κατάλοιπα. Το
        δεύτερο αρχείο έχει την κατάλληξη _full.
                                                                                                                                              Περιγραφή Μεθόδου
6.    Αποτελέσματα σε μορφή αρχείων τριτοταγών δομών της PDB

Χαρακτηριστικά ΗοΜο

Δεδομένα Εισόδου :
                    Αρχεία αμινοξικών ακολουθιών στη μορφή PIR ή FASTA
                    Αρχεία τριτοταγών δομών στη μορφή της PDB
Μέθοδοι :
                    Όλες οι μέθοδοι εκτελούνται από το παραθυρικό περιβάλλον που
                    δημιουργήθηκε μέσα από επιλογές μενού.
Αποτελέσματα :
                    Η παρουσίαση των αποτελεσμάτων γίνεται στο παραθυρικό περιβάλλον
                    και με παραγωγή αρχείων της μορφής της PDB.
Προϋποθέσεις εκτέλεσης ΗοΜο :
                    Το λογισμικό αναπτύχθηκε με χρήση Java και για την εκτέλεση του
                    είναι απαραίτητη η ύπαρξη του αντίστοιχου Plug-In. Επιπλέον ο
                    χρήστης θα πρέπει να εγκαταστήσει στο Home-directory του σκληρού
                    του δίσκου ένα αρχείο δικαιωμάτων έτσι ώστε το Applet του ΗοΜο
                    να μπορεί να διαβάζει και να γράφει αρχεία στον σκληρό δίσκο.

                    Για περισσότερες πληροφορίες και εκτέλεση του ΗοΜο ακολουθήστε
                    τον κόμβο εκτέλεσης που ακολουθεί.