ΕΚΠΑ Βιοπληροφορική: Διδάσκοντες / Σταύρος Χαμόδρακας

ΔΙΔΑΚΤΙΚΟ ΠΡΟΣΩΠΙΚΟ | ΒΟΗΘΟΙ ΔΙΔΑΣΚΑΛΙΑΣ

Οι υπεύθυνοι για τη διδασκαλία των μαθημάτων του Προγράμματος προέρχονται από διάφορα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, και συμμετέχουν ενεργά σε ερευνητικές δραστηριότητες.

Βιογραφικά σημειώματα:

Πληροφορίες για τον κάθε διδάσκοντα, την τρέχουσα ερευνητική του δραστηριότητα και τις δημοσιεύσεις του μπορείτε να δείτε ακολουθώντας τους συνδέσμους αριστερά, η επιλέγοντας από τον πιο κάτω πίνακα.

Περισσότερες πληροφορίες δίνονται παρακάτω:

Βιογραφικά σημειώματα: ΣΤΑΥΡΟΣ ΧΑΜΟΔΡΑΚΑΣ

Όνομα	ΣΤΑΥΡΟΣ Ι. ΧΑΜΟΔΡΑΚΑΣ
Θέση στο Έργο	Επιστημονικός Υπεύθυνος
Θέση στο Ίδρυμα	Καθηγητής Τμήματος Βιολογίας Παν/μίου Αθηνών
Προπτυχιακοί τίτλοι σπουδών	Πτυχίο Φυσικών Επιστημών, Παν/μιο Αθηνών (1970)
Μεταπτυχιακοί τίτλοι σπουδών	Ph.D , Astbury Department of Biophysics, University of Leeds, UK (1974)
Ειδικές γνώσεις στα γνωστικά αντικείμενα του ΝΠΜΣ	Βιοπληροφορική, Μοριακή Βιοφυσική (Μοριακή Δομική Βιολογία), Υπολογιστική Ανάλυση Ακολουθιών και Δομών Βιο-μακρομορίων και μικρομορίων, Μοριακή Προτυποποίηση (modeling), Μοριακά Γραφικά, Ανάπτυξη αλγορίθμων και μεθόδων Βιοπληροφορικής, Συγγραφή και έλεγχος Λογισμικού Βιοπληροφορικής και Βιοφυσικής.
Γνώσεις στη χρήση νέων τεχνολογιών	Γνώστης χειρισμού και προγραμματισμού Η/Υ από το 1970, Γνώστης δημιουργίας δικτύων Η/Υ, Εγκατάσταση και χρήση οιουδήποτε λειτουργικού συστήματος σε Η/Υ, Εγκατάσταση και χρήση (σχεδόν) οιασδήποτε γλώσσας προγραμματισμού, Επεξεργασία και παρουσίαση μαθημάτων στο διαδίκτυο, Ανάπτυξη-Εγκατάσταση Λογισμικού Εκπαιδευτικού και Ερευνητικού στο διαδίκτυο, Δημιουργία servers για εκπαιδευτικό και ερευνητικό λογισμικό, Εγκατάσταση και χρήση πολυμέσων.
Εμπειρία σε ερευνητικά προγράμματα	Επιστημονικός Υπεύθυνος σε 9 προγράμματα ΠΕΝΕΔ της ΓΓΕΤ, 2 προγράμματα ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ, 1 πρόγραμμα ΕΚΒΑΝ της ΓΓΕΤ (Βιοπληροφορικής), πολλά προγράμματα του Παν/μίου Αθηνών, 1 πρόγραμμα TMR (Βιοπληροφορικής) της Ε.Ε., 1 πρόγραμμα ΠΑΒΕ της ΓΓΕΤ, 1 μεγάλο πρόγραμμα Βιοπληροφορικής χρηματοδοτούμενο από Εταιρεία, ήτοι: 1. Π.Α.Ε.Τ 84 "Μελέτες του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων, ενός πρότυπου συστήματος οργάνωσης δομικών πρωτεϊνών, κυτταρικής διαφοροποίησης και μοριακής εξέλιξης" 2. Π.Α.Ε.Τ 87 "Βιοχημικές, βιοφυσικές, μορφολογικές και αναπτυξιακές μελέτες του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri." 3. Π.Α.Ε.Τ 90 "Μελέτη και συνθετική εξομοίωση τμήματος της φωτοσυνθετικής αλυσίδας. Μοριακός μηχανισμός ανασταλτικής δράσεως παρασιτοκτόνων και ατμοσφαιρικών ρυπαντών." 4. Π.Α.Ε.Τ 93 "Βιοφυσικές, Μορφολογικές, Αναπτυξιακές και Βιοχημικές μελέτες του χορίου των ωοθυλακίων των λεπιδοπτέρων Manduca sexta και Sesamia nonagrioides ενός προτύπου συστήματος οργάνωσης δομικών πρωτεϊνών." 5. Π.Α.Ε.Τ 93 "Συμβολή στη μελέτη της μοριακής επιλεκτικότητας της διυδροφολικής αναγωγάσης (DHFR): Σχεδιασμός και σύνθεση 4-αδαμάντανο-2,6-διάμινο-τριαζινών ως φαρμάκων-αναστολέων του ενζύμου." 6. ΠΕΝΕΔ 94 "Αλληλεπιδράσεις της Λεκτίνης Concanavalin A (Con A) με Σάκχαρα και Υδρόφοβα Μόρια: Θεωρητικές και Κρυσταλλογραφικές Μελέτες. Δοκιμές και Λειτουργικές Ομοιότητες Παρεμφερών Λεκτινών." 7. ΠΕΝΕΔ 94 "Συμβολή στη Μελέτη της Μοριακής Επιλεκτικότητας της Διυδροφολικής Αναγωγάσης (DHFR): Σύνθεση, Προσδιορισμός Δομής, Φαρμακολογικός Έλεγχος και Μελέτες Τρόπου Σύνδεσης στο Φυσικό Υποδοχέα Διυδροφολική Αναγωγάση, Λιπόφιλων Συμμετρικών Φαρμάκων." 8. ΠΕΝΕΔ 94 "Τα κελύφη των ωοθυλακίων των ιχθύων Dicentrarchus labrax και Sparus aurata ως πρότυπα συστήματα οργάνωσης δομικών πρωτεϊνών: Μορφολογικές, Βιοχημικές, Βιοφυσικές και Αναπτυξιακές μελέτες." 9. ΠΑΒΕ 96 "Τρισδιάστατη Βιομοριακή Απεικόνιση." 10. TMR (E.E.C) "GeneQuiz: An Integrated Software System for Molecular Biologists" 11. EKBAN (1998) ΕΚΒΑΝ2-1.2- (1998-2001) (ΓΓΕΤ) Ανάπτυξη Ολοκληρωμένου Δικτυακού Υπολογιστικού Συστήματος Αυτοματοποιημένης Μελέτης και Ελέγχου Βιομοριακών Δομών (ΔΑΜΒΙΟ). (Επιστ. Υπεύθυνος του Προγράμματος). 12. ΠΕΝΕΔ 99 Σχεδίαση, Σύνθεση και Βιοφυσικές Μελέτες Δομής και Αυτοσυγκρότησης Πεπτιδίων Αναλόγων Τμημάτων των Πρωτεϊνών του Χορίου των Ωοθυλακίων των Μεταξοσκωλήκων, ως Νέων, Αυτοσυγκροτούμενων Πολυμερών με Ιδιότητες Αμυλοειδών. 13. ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ 2003 "Ηράκλειτος: Υποτροφίες έρευνας με προτεραιότητα στη βασική έρευνα", με θέμα: Πρόγνωση δομής και λειτουργίας μεμβρανικών πρωτεϊνών 14. ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ 2003 "Πυθαγόρας: Ενίσχυση ερευνητικών ομάδων στα πανεπιστήμια", με θέμα: Ανάπτυξη πρωτότυπης μεθοδολογίας και λογισμικού για τη δημιουργία πολλαπλών στοιχίσεων αλληλουχιών βιολογικών μακρομορίων και την αντικειμενική τους αξιολόγηση (ΠΟ.Σ.Α.ΒΙΟ.ΜΑ)
Σύνολο δημοσιεύσεων (αριθμός)	79
Σύνολο αναφορών (αριθμός)	>600
Τίτλοι δημοσιεύσεων στα γνωστικά αντικείμενα του ΝΠΜΣ τρεις εκ των οποίων έγιναν τη τελευταία 5-ετία, και αντίστοιχος αριθμός αναφορών	1. Pasquier, C., Promponas, V. I. and Hamodrakas, S. J. (2001) PRED-CLASS: Cascading neural networks for generalized protein classification and genome-wide applications, Proteins, 44, 361-369. 2. Karmirantzou, M. and Hamodrakas, S. J. (2001) A database of DNA-binding proteins: an approach for protein family classification, Protein Eng., 14(7), 465-472. 3. Liakopoulos, T. D., Pasquier, C. and Hamodrakas, S. J. (2001) A novel tool for the prediction of transmembrane protein topology based on a statistical analysis of the SwissProt database: the OrienTM algorithm, Protein Eng, 14, 387-390. 4. Promponas, V. J.; Enright, A. J.; Tsoka, S.; Kreil, D. P.; Leroy, C. and Hamodrakas, S. J.; Sander, C.; Ouzounis, C. A. (2000) CAST: an iterative algorithm for the complexity analysis of sequence tracts. Bioinformatics, 16(10), 915-922. 5. Pasquier, C., and Hamodrakas, S. J. (1999) An hierarchical artificial neural network system for the classification of transmembrane proteins, Protein Eng., 12(8), 631-4. 6. Pasquier, C., Promponas, V. J., Palaios, G. A., Hamodrakas, J. S., and Hamodrakas, S. J. (1999) A novel method for predicting transmembrane segments in proteins based on a statistical analysis of the SwissProt database: the PRED-TMR algorithm, Protein Eng., 12(5), 381-5. 7. Promponas, V. J., Palaios, G., Pasquier, C. M., Hamodrakas, J. S. and Hamodrakas S. J. (1999) CoPreTHi: A Web tool which combines transmembrane protein segment prediction methods, In Silico Biology, 3, 1-4. 8. Pasquier, C. M., Promponas, V. I., Varvayannis, N. J. and Hamodrakas, S. J. (1998) A web server to locate periodicities in a sequence, Bioinformatics, 14(8), 749-50. 9. Perrakis, A., Constantinides, C., Athanasiades, A. and Hamodrakas, S. J. (1995) PBM: A software package to create, display and manipulate interactively models of small molecules and proteins on IBM-compatible, PCs Computer Applications in the Biosciences (CABIOS), 11(2), 141-145. 10. Hamodrakas, S. J. (1988) A protein secondary structure prediction scheme for the IBM-PC and compatibles, Computer applications in the Biosciences, 4 (4), 473-477. 11. Hamodrakas, S. J., Etmektzoglou, Th. and Kafatos, F. C. (1985) Amino acid Periodicities and Their Structural Implications for the Evolutionarily Conservative Central Domain of Some Silkmoth Chorion Proteins, J. Mol. Biol., 186, 583-589. 12. Hamodrakas, S. J., Jones, C. W. and Kafatos, F. C. (1982) Secondary structure predictions for silkmoth chorion proteins, Biochim. Biophys. Acta, 700, 42-51 13. Iliopoulos, I., Tsoka, S., Andrade, M., Enright, A.J., Carroll, M., Poullet, P., Promponas, V., Liakopoulos, T., Palaios, G., Pasquier, C., Hamodrakas, S., Tamames, J., Yagnik, A., Tramontano, A., Devos, D., Blaschke, C., Valencia, A., Brett, D., Martin, D., Leroy, C., Rigoutsos, I., Sander, C., Ouzounis, C.A, (2003) Evaluation of Annotation Strategies using an Entire Genome Sequence. Bioinformatics, 19 (6), 717-726. 14. Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I., Hamodrakas, S.J. (2003) A novel method for GPCR recognition and family classification, from sequence alone, using signatures derived from profile Hidden Markov models. S.A.R-Q.S.A.R Environmen. Research, 14(5-6), 413-420. 15. Vernikos, G.S., Gkogkas, C.G., Promponas, V.J., Hamodrakas, S.J. (2003) GeneViTo: visualizing gene-product functional and structural features in genomic datasets. BMC Bioinformatics, 4:53. 16. Pashou, E.E., Litou, Z.I., Liakopoulos, Th.D., Hamodrakas, S.J. (2004) waveTM: Wavelet-based transmembrane segment prediction. In Silico Biol.4, 0012. 17. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) A Hidden Markov Model capable of predicting and discriminating beta-barrel outer membrane proteins. BMC Bioinformatics, 5, 29. 18. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) PRED-TMBB: A web server for predicting the topology of β-barrel outer membrane proteins. Nucleic Acids Res, 32, W380-382. 19. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J. (2004) Maximum Likelihood and Conditional Maximum Likelihood learning algorithms for Hidden Markov Models with labeled data. Journal of Computational Methods in Sciences and Engineering, In Press. 20. Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I., Promponas V.J., Hamodrakas, S.J. (2004) PRED-GPCR: GPCR recognition and family classification server. Nucleic Acids Res, 32, W400-W404. 21. Spyropoulos, I.C., Liakopoulos, T.D., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2004) TMRPres2D: high quality visual representation of transmembrane protein models. Bioinformatics, In Press.
Μονογραφίες	1. "Θέματα Μοριακής Βιοφυσικής" (1993) Σ.Ι.Χαμόδρακα, Εκδόσεις Συμμετρία, Αθήνα. (Επανέκδοση) 2. "Εφαρμογές Βιοπληροφορικής-2002" Σ.Ι. Χαμόδρακα, (http://biophysics/doc/courses/BIOINFORMATICS/) 3. "ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ: Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων και πρωτεϊνών " A.D. Baxevanis & B.F.F. Quelette (2004). Επιμέλεια Ελληνικής Έκδοσης: Ε.Ν. Μουδριανάκης και Σ.Ι. Χαμόδρακας 4. Hamodrakas, S. J. (1992) Molecular architecture of helicoidal proteinaceous eggshells in "Results and Problems in Cell Differentiation", Vol. 19, (S.T. Case ed.), Ch. 6, pp. 116-186 Springer-Verlag, Berlin-Heidelberg (rev. article) 5. Willis, J.H., Iconomidou, V.A., Smith, R.F. and Hamodrakas, S.J. Cuticular Proteins in "Comprehensive Insect Science", (L. I. Gilbert, K. Iatrou, and S. Gill, Eds.), Ch. 2, Elsevier (In press)
Πέντε σημαντικότερες πρόσφατες αναφορές σε πρόσφατα άρθρα μας "Βιοπληροφορικής"	1. Rost, B. (2001) Protein secondary structure prediction continues to rise J. Struct. Biol. 134 (2-3):204-218. 2. Simon, I., Fiser, A., Tusnady, G.E. (2001) Predicting protein conformation by statistical methods B.B.A.-Prot. Struct. M 1549(2):123-126. 3. Nakai, K. (2000) Protein sorting signals and prediction of subcellular localization Adv. Prot. Chem. 54:277-344. 4. Holden, J.F, Pool, F.L., Tollaksen, S.L. et al. (2001) Identification of membrane proteins in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosususing proteomics and prediction programs Compar. Funct. Genom. 2(5):275-288. 5. Veglia, G., Zeri, A.C., Ma, C. et al. (2002) Deuterium/hydrogen exchange factors measured by solution NMR spectroscopy as indicators of the structure and topology of membrane proteins Biophys. J. 82(4):2176-2183.
Εθνικές και Διεθνείς διακρίσεις (οργάνωση συνεδρίων, μέλος οργανισμών κλπ.)	ΚΡΙΤΗΣ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΠΕΡΙΟΔΙΚΩΝ "Computer Applications in the Biosciences (CABIOS)" "Bioinformatics" "Proteins" "Protein Engineering" "Journal of Structural Biology" ΜΕΛΟΣ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΕΤΑΙΡΕΙΩΝ 1. Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών (Ε.Ε.Β.Ε) 2. Ελληνικής Βιοχημικής και Βιοφυσικής Εταιρείας 3. International Union of Crystallographers 4. British Biophysical Society Μέλος του διοικητικού συμβουλίου της Ε.Ε.Β.Ε (1988) και γενικός γραμματέας της (1988-1993). Πρόεδρος Επιτροπής Μεταπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών στο Τμήμα Βιολογίας του ΕΚΠΑ (1988-89) και μέλος της (1991-1992). Μέλος της Συντονιστικής Επιτροπής του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών. Επίσης, διετέλεσα μέλος της οργανωτικής επιτροπής συνεδρίων της Ε.Ε.Β.Ε ΕΜΠΕΙΡΟΓΝΩΜΩΝ-ΚΡΙΤΗΣ ΣΕ ΔΙΕΘΝΕΙΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΥΣ Συμμετοχή ως Έλληνας εμπειρογνώμων, στο C.E.E.-U.L.B. meeting on "Computational resources for ProteinEngineering", στις Βρυξέλλες (1985). Συμμετοχή ως Έλληνας εμπειρογνώμων στην σύσκεψη υποπρογράμματος για Informational Technology της CGC Biotechnology της E.E.C στις Βρυξέλλες (1988). Συμμετοχή ως Έλληνας εμπειρογνώμων στην έκδοση του "1994 Report on Protein Engineering R&D Programmes in Europe" της Ε.C, μετά από πολλές συσκέψεις (1993-1994). Συμμετοχή ως Έλληνας εμπειρογνώμων στην δημιουργία του "πιλοτικού" προγράμματος "Coordination of Structural Biology in Europe: National, EC and Industry Joint Efforts" της Ε.C (1995-1997), το οποίο δημιουργήθηκε μετά από σειρά συσκέψεων. Κριτής πολλων επιστημονικών προγραμμάτων της Ε.C. στον τομέα της Βιοπληροφορικής και της Δομικής Βιολογίας (Bioinformatics / Structural Biology). Κριτής επιστημονικών προγραμμάτων της Γ.Γ.Ε.Τ και Ελληνικών Πανεπιστημίων. Οργανωτής του 'Σχολείου Βιοπληροφορικής' (τριήμερου) Μέλος της οργανωτικής επιτροπής τεσσάρων διεθνών και ελληνικών συνεδρίων.

Δημοσιεύσεις

1. Hamodrakas, S. J., Geddes, A. J. and Sheldrick (1974) B X-ray analysis of disodium cromoglycate, Journal of Pharmacy and Pharmacology, 26, 54.

2. Hamodrakas, S. J., Geddes, A. J. and Sheldrick, B. (1974) The crystal structure of β-methylphenylcholine ether bromide, Acta Cryst., B30, 881.

3. Geddes, A. J., Hamodrakas, S. J. and Sheldrick, B. (1974) (The crystal structure of) N-acetyl methionine methyl ester, C8H15NO3S, Cryst. Struct. Comm., 3, 97.

4. S. J. Hamodrakas (1974) X-ray crystallographic studies of disodium cromoglycate, β-methylphenylcholine ether bromide and N-acetyl methionine methyl ester, Ph.D Thesis, University of Leeds (U.K).

5. Hamodrakas, S. J., Filippakis, S. E. and Sheldrick, B. (1977) (The crystal structure of) 2-carboxamidomethyl-4,5-dimethoxy-phenyl diethyl sulfonamide, C14H22N2O5S, Cryst. Struct. Comm., 6, 209.

6. Hamodrakas, S. J. and Filippakis, S. E. (1977) (The crystal structure of) N-morpholine-4,5 dimethoxy-2-carboxymethyl benzene sulfonamide, C14H19NO7S, Cryst. Struct. Comm., 6, 301.

7. Hamodrakas, S. J., Akrigg, D. and Sheldrick, B. (1978) (The crystal structure of) Methyl dehydroabietate, C21H30O2, Cryst. Struct. Comm., 7, 429.

8. Hamodrakas, S. J., Akrigg, D., Sheldrick, B. and Camoutsis, C. (1978) (The crystal structure of) Ethyl-3-[4,5-Dimethoxy-2-(5-methyl-2pyridylsulfamoyl) phenyl] propionate, Acta Cryst., B34, 3426.

9. Hamodrakas, S. J., Margaritis, L. H. and Nixon, P. E. (1982) Crystalline layer in Drosophila melanogaster eggshell: Arrangement of components as revealed by negative staining and reconstruction, Int. J. Biol. Macromol., 4, 25-31.

10. Hamodrakas, S. J., Jones, C. W. and Kafatos, F. C. (1982) Secondary structure predictions for silkmoth chorion proteins, Biochim. Biophys. Acta, 700, 42-51.

11. Hamodrakas, S. J., Asher, S. A., Mazur, G. D., Regier, J. C. and Kafatos, F. C. (1982) Laser-Raman studies of protein conformation in the Silkmoth chorion, Biochim. Biophys. Acta , 703, 216-222.

12. Regier, J. C., Kafatos, F. C. and Hamodrakas, S. J. (1983) Silkmoth chorion multigene families constitute a superfamily:Comparison of C and B family sequences, Proc. Natln. Acad. Sci. USA, 80, 1043-1047.

13. Hamodrakas, S. J., Paulson, J. R., Rodakis, G. C. and Kafatos F. C. (1983) X-ray Diffraction studies of a silkmoth chorion, Int. J. Biol. Macromol., 5, 149-153.

14. Eliopoulos, E. E., Sheldrick, B. and Hamodrakas, S. J. (1983) The crystal structure of Ethyl 3-[4,5-Dimethoxy-2-(4- methyl-2-pyridylsulfamoyl)phenyl] propionate, C19H24N2O8S, Acta Cryst., C39, 743.

15. Eliopoulos, E. E., Sheldrick, B. and Hamodrakas, S. J. (1983) The crystal structure of Ethyl 3-[4,5-Dimethoxy-2-(3-methyl-2-pyridylsulfamoyl)phenyl] propionate), C19H24N2O8S, Acta Cryst., C39, 1693.

16. Margaritis, L. H., Hamodrakas, S. J., Arad, T. and Leonard, K. R. (1984) Three Dimensional Reconstruction of Innermost Chorion Layer from Drosophila melanogaster, Biol. Cell, 52 (3), 279-284.

17. Hamodrakas, S. J. (1984) Twisted, β-pleated sheet: The Molecular Conformation which possibly dictates the formation of the Helicoidal Architecture of several proteinaceous eggshells, Int. J. Biol. Macromol., 6, 51.

18. Hamodrakas, S. J. and Kafatos, F. C. (1984) Structural Implications of Primary Sequences from a family of Balbiani Ring-Encoded Proteins in Chironomus, J. Mol. Evol., 20, 296-303.

19. Hamodrakas, S. J., Kamitsos, E. I. and Papanicolaou, A. (1984) Laser-Raman spectroscopic studies of the Eggshell (Chorion) of Bombyx mori, Int. J. Biol. Macromol., 6, 333-336.

20. Hamodrakas, S. J., Etmektzoglou, Th. and Kafatos, F. C. (1985) Amino acid Periodicities and Their Structural Implications for the Evolutionarily Conservative Central Domain of Some Silkmoth Chorion Proteins, J. Mol. Biol., 186, 583-589.

21. Hamodrakas, S. J., Margaritis, L. H., Papassideri, I. and Fowler, A. (1986) Fine structure of the silkmoth Antheraea polyphemus chorion as revealed by X-ray diffraction, and freeze fracturing, Int. J. Biol. Macromol., 8, 237-242.

22. Papanicolaou, A., Margaritis, L. H. and Hamodrakas, S. J. (1986) Ultrastructural analysis of chorion formation in the silkmoth Bombyx mori, Can. J. Zool., 64, 1158-1173.

23. Hamodrakas, S. J., Kamitsos, E. I. and Papadopoulou, P. (1987) Laser-Raman and infrared spectroscopic studies of protein conformation in the eggshell of the fish Salmo gairdneri, Biochim. Biophys. Acta, 913, 163-169.

24. Hamodrakas, S. J. (1988) A protein secondary structure prediction scheme for the IBM-PC and compatibles, Computer applications in the Biosciences, 4 (4), 473-477.

25. Hamodrakas, S. J., Bosshard, H. E. and Carlson, C. N. (1988) Structural models of the evolutionarily conservative central domain of silkmoth chorion proteins, Protein Engineering, 2 (3), 201-207.

26. Hamodrakas, S. J., Alexandraki, E., Troganis, A. and Stassinopoulou, C.I. (1989) Models of binding of 4'-nitrophenyl α-D-mannopyranoside to the lectin concanavalin A, Int. J. Biol. Macromol., 11 (1), 17-22.

27. Hamodrakas, S. J., Batrinou, A. and Christophoratou, T. (1989) Structural and functional features of Drosophila chorion proteins s36 and s38 from analysis of primary structure and infrared spectroscopy, Int. J. Biol. Macromol., 11 (5), 307-313.

28. Eliopoulos, E. , Sheldrick, B. and Hamodrakas, S. J. (1991) (The crystal structure of) 4,5-Dimethoxy-2-[3-(1,4-oxazinan-4-yl)-3-oxopropyl]-N-(2-pyridyl)-benzenesulfonamide Methanol solvate, Acta Cryst., C47, 1212-1215.

29. Aggeli, A., Hamodrakas, S. J., Komitopoulou, K. and Konsolaki, M. (1991) Tandemly repeating peptide motifs and their secondary structure in Ceratitis capitata eggshell proteins Ccs36 and Ccs38, Int. J. Biol. Macromol., 13, 307-315.

30. Margaritis, L. H., Hamodrakas, S. J., Papassideri, I. Arad, T. and Leonard, K. R. (1991) Three-dimensional reconstruction of innermost chorion layer of Drosophila grimshawi and Drosophila melanogaster eggshell mutant fs(1)384, Int. J. Biol. Macromol., 13, 247-253.

31. Orfanidou, C. C., Hamodrakas, S. J., Margaritis, L. H., Galanopoulos, V.K., Dedieu, J. C., and Gulik-Krzywicki, T. (1992) Fine structure of the chorion of Manduca sexta and Sesamia nonagrioides as revealed by scanning electron microscopy and freeze-fracturing, Tissue & Cell, 24(5), 735-744.

32. Wellman, S. E., Hamodrakas, S. J., Kamitsos, E. I.·and Case, S. T. (1992) Secondary structure of synthetic peptides derived from the repeating unit of a giant secretory protein from Chironomus tentans, Biochim. Biophys. Acta, 1121, 279-285.

33. Gessman, R., Petratos, K., Hamodrakas, S. J., Tsitsa, P. and Antoniadou-Vyza, E. (1992) Structure of 2-Amino-6-dimethylamino-4-(tricyclo [3.3.1.1.3,7] decyl-1-yl)-1,3,5-triazine, Acta Cryst., C48, 347-350.

34. Hamodrakas, S. J., Hempel, A., Camerman, N., Ottensmeyer, F. P., Tsitsa, P., Antoniadou-Vyzas, E. and Camerman, A. (1992) Molecular and crystal structure of 2-amino-4-(tricyclo[3.3.1.1.3,7] decyl-1)-6-N-methyl-piperazino-1,3,5-triazine, J. Cryst. Spectrosc. Res., 22, 607-614.

35. Hamodrakas, S. J. (1992) Molecular architecture of helicoidal proteinaceous eggshells in "Results and Problems in Cell Differentiation", Vol. 19, (S.T. Case ed.), Ch. 6, pp. 116-186 Springer-Verlag, Berlin-Heidelberg (rev. article).

36. Hempel, A., Camerman, N., Hamodrakas, S. J., Ottensmeyer, F. P., Troganis, A., Stassinopoulou, C. I. and Camerman, A. (1993) 2,2,6,6-Tetramethylpiperidine-1-oxyl-4-yl-α-D-glucopyranoside, Acta Cryst., C49, 298-300.

37. Kolocouris, A., Kolocouris, N., Foscolos, G. B., Fytas, G., Hempel, A., Camerman, N., Camerman, A. and Hamodrakas, S. J. (1993) Molecular and crystal structures of a tricyclic γ-lactam ketone and its Mannich base, J. Cryst. Spectrosc. Res., 23, 663-668.

38. Tsitsa, P., Antoniadou-Vyza, E., Hamodrakas, S. J., Eliopoulos, E. E., Tsantili-Kakoulidou, A., Lada-Hytiroglou, E., Roussakis, C., Chinou, I., Hempel, A., Camerman, N., Ottensmeyer, F. P., and Van den Berghe, D. A. (1993) Synthesis, Crystal Structure and Biological Properties of a new Series of Lipophilic s-Triazines, Dihydrofolate Reductase (DHFR) Inhibitors, Eur. J. Med. Chem., 28, 149-158.

39. Perrakis, A., Hempel, A., Hamodrakas, S. J., Camerman, N., Tsitsa, P., Antoniadou-Vyzas E. and Camerman, A. (1993) Molecular and crystal structure of 2-amino-6-dimethyl amino-4-(-tricyclo[3.3.1.13,7]dec-1-yl) methyl-1,3,5-triazine, J. Cryst. Spectrosc. Res., 23, 821-824.

40. Perrakis, A., Constantinides, C., Athanasiades, A. and Hamodrakas, S. J. (1995) PBM: A software package to create, display and manipulate interactively models of small molecules and proteins on IBM-compatible, PCs Computer Applications in the Biosciences (CABIOS), 11(2), 141-145.

41. Orfanidou, C. C., Chryssikos, G. D., Kamitsos, E. I., Wellman, E., Case, S. T. and Hamodrakas, S. J. (1995) Spectroscopic studies of Manduca sexta and Sesamia nonagrioides chorion protein structure, Int. J. Biol. Macromol., 17(2), 93-98.

42. Hamodrakas, S. J., Perrakis, A. and Antoniadou-Vyzas, E. (1996) A de novo designed possible 5-lipoxygenase inhibitor: a-acetoxy-N-[1-(1-(tricyclo[3.3.1.13,7]dec-1-yl)ethyl]benzene acetamide, Acta Cryst., C52, 677-679.

43. Perrakis, A., Schneider, T. S., Antoniadou-Vyzas, E., Dauter, Z. and Hamodrakas, S. J. (1996) Refinement of 2-amino-6-(4-methyl-1-piperazinyl)-4-tricyclo[3.3.1.13,7]dec-1-yl)-1,3,5-triazine at three different temperatures using image-plate data, J. Appl. Cryst., 29, 261-264.

44. Agianian, B., Perrakis, A., Kanellopoulos, P. N., Sheldrick B. and Hamodrakas, S. J. (1997) The crystal and molecular structure of p-nitrophenyl-α-D-mannopyranoside ethanol solvate, Acta Cryst., C53, 811-814.

45. Papadopoulou, P., Galanopoulos, V. K. and Hamodrakas, S. J. (1996) Molecular and supramolecular architecture of the Salmo gairdneri proteinaceous eggshell during development, J. Struct. Biology, 116, 399-412.

46. Kanellopoulos, P. N., Pavlou, K., Perrakis, A., Agianian, B., Vorgias, C., Mavrommatis, C., Soufi, M., Tucker, P. A. and Hamodrakas, S. J. (1996) The crystal structure of the complexes of Concanavalin A with 4'-nitrophenyl-α-D-mannopyranoside and 4'-nitrophenyl-α-D-glucopyranoside, J. Struct. Biology, 116, 345-355.

47. Kanellopoulos, P. N., Pavlou, K., Agianian, B., Tucker, P. A. and Hamodrakas, S. J. (1996) A triclinic crystal form of the lectin Concanavalin A, J. Struct. Biol., 117, 16-23.

48. Hamodrakas, S. J., Kanellopoulos, P. N., Pavlou, K. and Tucker, P. A. (1997) The crystal structure of the complex of Concanavalin A with 4'- methylumbelliferyl-α-D-glucopyranoside, J. Struct. Biol., 118, 23-30.

49. Benaki, D. C., Aggeli, A., Chryssikos, G. D., Yiannopoulos, Y. D., Brumley, E., Case, S. T., Boden, N. and Hamodrakas, S. J. (1998) Laser-Raman and FT-IR spectroscopic studies of peptide-analogues of silkmoth chorion protein segments, Int. J. Biol. Macromol., 23(1), 49-59.

50. Pasquier, C. M., Promponas, V. I., Varvayannis, N. J. and Hamodrakas, S. J. (1998) A web server to locate periodicities in a sequence, Bioinformatics, 14(8), 749-50.

51. Iconomidou, V. A., Willis, J. H. and Hamodrakas, S. J. (1999) Is beta-pleated sheet the molecular conformation which dictates formation of helicoidal cuticle? Insect Biochem. Mol. Biol., 29(3), 285-92.

52. Promponas, V. J., Palaios, G., Pasquier, C. M., Hamodrakas, J. S. and Hamodrakas S. J. (1999) CoPreTHi: A Web tool which combines transmembrane protein segment prediction methods, In Silico Biology, 3, 1-4.

53. Pasquier, C., Promponas, V. J., Palaios, G. A., Hamodrakas, J. S., and Hamodrakas, S. J. (1999) A novel method for predicting transmembrane segments in proteins based on a statistical analysis of the SwissProt database: the PRED-TMR algorithm, Protein Eng., 12(5), 381-5.

54. Pasquier, C., and Hamodrakas, S. J. (1999) An hierarchical artificial neural network system for the classification of transmembrane proteins, Protein Eng., 12(8), 631-4.

55. Perrakis, A., Antoniadou-Vyzas, E., Tsitsa, P., Lamzin, V. S., Wilson, K. S. and Hamodrakas, S. J. (1999) Molecular, crystal and solution structure of a β-cyclodextrin complex with ADM-10, a potent antimicrobial drug, Carbohydrate Res., 317(1-4), 19-28.

56. Iconomidou, V. A.; Vriend, G.A. and Hamodrakas, S. J. (2000) Amyloids protect the silkmoth oocyte and embryo, FEBS Letters, 479, 141-5.

57. Promponas, V. J.; Enright, A. J.; Tsoka, S.; Kreil, D. P.; Leroy, C. and Hamodrakas, S. J.; Sander, C.; Ouzounis, C. A. (2000) CAST: an iterative algorithm for the complexity analysis of sequence tracts. Bioinformatics, 16(10), 915-922.

58. Iconomidou, V. A., Chryssikos, G. D., Gionis, V., Pavlidis, M. A., Paipetis, A. and Hamodrakas, S. J. (2000) Secondary structure of chorion proteins of the teleostean fish Dentex dentex by ATR FT-IR and FT-Raman spectroscopy, J. Struct. Biol., 132, 112-122.

59. Iconomidou, V. A., Chryssikos, G. D., Gionis, V., Willis, J. H. and Hamodrakas, S. J. (2001) "Soft"-cuticle protein secondary structure as revealed by FT-Raman, ATR FT-IR and CD spectroscopy, Insect Biochem. Mol. Biol., 31, 877-885.

60. Liakopoulos, T. D., Pasquier, C. and Hamodrakas, S. J. (2001) A novel tool for the prediction of transmembrane protein topology based on a statistical analysis of the SwissProt database: the OrienTM algorithm, Protein Eng, 14, 387-390.

61. Karmirantzou, M. and Hamodrakas, S. J. (2001) A database of DNA-binding proteins: an approach for protein family classification, Protein Eng., 14(7), 465-472.

62. Iconomidou, V. A., Chryssikos, G. D., Gionis, V., Vriend, G., Hoenger, A. and Hamodrakas, S. J. (2001) Amyloid-like fibrils from an 18-residue peptide-analogue of a part of the central domain of the B-family of silkmoth chorion proteins, FEBS Letters, 499, 268-273.

63. Pasquier, C., Promponas, V. I. and Hamodrakas, S. J. (2001) PRED-CLASS: Cascading neural networks for generalized protein classification and genome-wide applications, Proteins, 44, 361-369.

64. Iconomidou, V.A. and Hamodrakas, S.J. (2001) Amyloid-like fibrils from a peptide-analogue of the central domain of silkmoth chorion proteins in "Self-Assembling Peptide Systems in Biology, Medicine, and Engineering" (A. Aggeli, N. Boden, S, Zhang, Eds.), Kluwer Press, pp.161-169.

65. Hamodrakas, S.J., Willis, J.H. and Iconomidou, V.A. (2002) A structural model of the chitin-binding domain of cuticle proteins, Insect Biochem. Mol. Biol., 32, 1577-1583

66. Papandreou, N.C., Makedonopoulou, S., Antoniadou-Vyza, E.A., Mavridis I.M. and Hamodrakas, S.J. (2002) 2,4-Diamino-5-(1-naphthyl)-3,5-diaza-1-azoniaspiro[5.5]undeca-1,3-diene chloride. Acta Crystallogr C. , 58, 730-732.

67. Iliopoulos, I., Tsoka, S., Andrade, M., Enright, A.J., Carroll, M., Poullet, P., Promponas, V., Liakopoulos, T., Palaios, G., Pasquier, C., Hamodrakas, S., Tamames, J., Yagnik, A., Tramontano, A., Devos, D., Blaschke, C., Valencia, A., Brett, D., Martin, D., Leroy, C., Rigoutsos, I., Sander, C., Ouzounis, C.A, (2003) Evaluation of Annotation Strategies using an Entire Genome Sequence. Bioinformatics, 19 (6), 717-726.

68. Iconomidou, V.A., Chryssikos, G.D., Gionis, V., Hoenger, A., Hamodrakas, S.J. (2003) FT-Raman spectroscopy as diagnostic tool of Congo red binding to amyloids. Biopolymers (Biospectroscopy), 72, 185-192.

69. Benaki, D.C, Mikros, E., Hamodrakas, S.J. (2003) Conformational Analysis of Peptide Analogues of Silkmoth Chorion Protein Segments Using CD, NMR and Molecular Modelling. Journal of Peptide Science.

70. Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I., Hamodrakas, S.J. (2003) A novel method for GPCR recognition and family classification, from sequence alone, using signatures derived from profile Hidden Markov models. S.A.R-Q.S.A.R Environmen. Research, 14(5-6), 413-420.

71. Vernikos, G.S., Gkogkas, C.G., Promponas, V.J., Hamodrakas, S.J. (2003) GeneViTo: visualizing gene-product functional and structural features in genomic datasets. BMC Bioinformatics, 4:53.

72. Hamodrakas, S.J., Hoenger, A., Iconomidou, V.A. (2004) Amyloid fibrillogenesis of silkmoth chorion protein peptide-analogues via a liquid crystalline intermediate phase. J. Struct. Biol., 145, 226-235.

73. Willis, J.H., Iconomidou, V.A., Smith, R.F., Hamodrakas, S.J. (2004) Cuticular Proteins in 'Comprehensive Insect Science', (L. I. Gilbert, K. Iatrou, and S. Gill, Eds.). Elsevier, Ch. 2, In Press.

74. Pashou, E.E., Litou, Z.I., Liakopoulos, Th.D., Hamodrakas, S.J. (2004) waveTM: Wavelet-based transmembrane segment prediction. In Silico Biol.4, 0012.

75. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) A Hidden Markov Model capable of predicting and discriminating beta-barrel outer membrane proteins. BMC Bioinformatics, 5, 29.

76. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) PRED-TMBB: A web server for predicting the topology of β-barrel outer membrane proteins. Nucleic Acids Res, 32, W380-382.

77. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J. (2004) Maximum Likelihood and Conditional Maximum Likelihood learning algorithms for Hidden Markov Models with labeled data. Journal of Computational Methods in Sciences and Engineering, In Press.

78. Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I., Promponas V.J., Hamodrakas, S.J. (2004) PRED-GPCR: GPCR recognition and family classification server. Nucleic Acids Res, 32, W400-W404.

79. Spyropoulos, I.C., Liakopoulos, T.D., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2004) TMRPres2D: high quality visual representation of transmembrane protein models. Bioinformatics, In Press.

80. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J. (2004) Finding beta-barrel outer membrane proteins with a markov chain model. WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine, 2(1), 186-189.

81. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Promponas, V.J., Hamodrakas, S.J. (2004) Topology prediction of β-barrel outer membrane proteins. Proceedings of the Indian National Sciences Academy-Biological Sciences (PINSA-B), In Press.

82. Elefsinioti, A.L., Bagos, P.G., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) A database for G proteins and their interaction with GPCRs. BMC Bioinformatics, 5(1): 208.

83. Magkrioti, C.K., Spyropoulos, I.C., Iconomidou, V.A., Willis, Hamodrakas, S.J. (2004) CuticleDB: a relational database of Arthropod cuticular proteins BMC Bioinformatics, 5: 138.

84. Iconomidou, V.A., Willis, J.H. and Hamodrakas, S.J. (2005) Unique features of the structural model of hard cuticle proteins: implications for chitin-protein interactions and cross-linking in cuticle. Insect Biochem. Mol. Biol., Accepted.

85. Bagos, P.G., Liakopoulos, Th.D. and Hamodrakas, S.J. (2005) Evaluation of methods for predicting the topology of β-barrel outer membrane proteins and a consensus prediction method. BMC Bioinformatics, 6:7.

86. Willis, J.H., Iconomidou, V.A., Smith, R.F. and Hamodrakas, S.J. (2005) Cuticular Proteins in 'Comprehensive Molecular Insect Science', (L. I. Gilbert, K. Iatrou, and S. Gill, Eds.), Elsevier, Vol. 4, 79-110.

προηγούμενη σελίδα | αρχή της σελίδας | επόμενη σελίδα